第一章 总则
第一条为了确保上海市重点学科（第二期）（以下简称“重点学科”）建设规划的顺利实施，完成重点学科建设任务和目标，根据《上海市重点学科（第二期）建设实施方案》，特制定本管理办法。
第二条重点学科建设应建立联合共建、流动竞争和开放创新的运行机制。
第三条重点学科建设经费必须设立独立账册，专款专用。
第四条上海市重点学科建设经费不得用于基建项目。
第二章 经费投入
第五条重点学科建设应作为学校发展的关键工作，学校要优先支撑和充分保障重点学科的建设和发展。
第六条学校为学科建设的主体，对重点学科需优先予以投入，其中学校直接经费投入比例不低于学校总投入的50%。学校投入经费也应设立独立账册，专款专用。
第七条上海市教育委员会根据学科类别、学科建设规划，以及学校对重点学科的投入强度，在规定额度内对重点学科投入一定的建设经费。
第八条各重点学科应积极争取国家、部委、上海市和企事业的重大项目，多渠道筹集经费，努力提高学科的总体水平和对社会的贡献率。
第三章 经费使用范围
第九条重点学科建设经费主要用于研究基地建设、人才队伍建设、科学研究、国内外学术交流与合作等方面（各学科根据建设发展的实际需要可有所侧重），不得移作他用。
第十条重点学科研究基地建设包括研究基地改造、实验装备及图书资料购置等。重点学科要根据学科建设和发展的需要，围绕拟重点突破的研究方向购置先进的实验装备，其中设备引进主要以公共实验平台建设的需要为依据（优势学科需将相对集中、有足够空间并且实验条件先进的研究基地作为重要建设内容）。学科所有的大型仪器设备必须集中管理，要提高实验设备的使用率和开放度，以形成国家级重点（开放）实验室、工程（技术）研究中心、人文社会科学重点研究基地、产学研中试基地等大型、公共研究基地。
第十一条重点学科建设要设立开放经费，用于吸引国内外优秀人才进入基地进行高水平的科学研究。
第十二条在重点学科的建设和发展中，要积极引进国内外优秀的领军人物和创新团队，形成流动、开放和激励的竞争机制，强化学科队伍实力，增强培养高层次人才的能力。学科应对优秀人才提供良好的创新研究环境及工作条件。
第十三条重点学科应结合社会和经济发展中迫切需要解决的关键问题，积极争取国家、地方和企事业单位的重大项目。重点学科建设经费应为重大项目的研究提供必要的支撑条件，也可以用于开展必要的预研究。
第十四条鼓励重点学科主办及参加重要的国际学术会议，开展高层次的国际合作研究。
第四章 经费预算、下拨及决算
第十五条重点学科建设经费，由学科根据建设任务和目标提出经费总预算及年度经费预算，经专家论证和上海市教育委员会审核确定，实行事权和财权一致的原则。
第十六条上海市教育委员会按照批准的建设规划及经费预算，按年度下达建设经费。
第十七条重点学科建设实行动态调整，滚动发展。上海市教育委员会将在年度检查、中期评估和终期评估验收的基础上，对完成情况好的学科予以奖励；对完成情况较差，甚至无法完成建设规划的学科停拨建设经费，直至取消“上海市重点学科”称号。
同时，建设期间如教育部开展重点学科评审工作，优势学科不能被评为重点学科的，上海市教育委员会将取消其优势学科的命名，并降低投入强度，其降低后所造成的经费缺口由所在学校补足。
特色学科和培育学科在建设期间获得突出进展的，将相应提高投入经费的额度。
第十八条重点学科建设经费以自然年度为核算期，各重点学科应于每年第四季度根据当年的实际使用情况，编制年度经费决算报表，并于年度终了后20个工作日内送上海市教育委员会。
第五章 经费管理与监督
第十九条重点学科建设经费应严格按照建设规划使用，如因特殊原因需要变动，须报请上海市教育委员会核准。
第二十条学校要加强对经费的管理，多方筹集的重点学科建设资金应全部纳入学校财务处管理，学校学科建设归口管理部门会同有关部门对经费使用进行全面监督。
第二十一条各有关高校领导、各学科带头人都应自觉维护国家的财经纪律，其支出标准按国家有关规定执行。专项经费不得用于各种罚款、还贷、捐赠赞助支出。应认真接受上级主管部门、财政、审计等部门的监督和检查，发现问题，及时纠正。
第二十二条上海市教育委员会将根据有关规定对各学科经费使用、设备管理等情况，每年进行定期和不定期的重点检查，如发现违规行为，将追究责任。
第二十三条重点学科在建设过程中产生的科研成果、专著、论文以及购置的仪器设备、图书资料，需统一注明为“上海市重点学科建设项目资助，项目编号：ＸＸＸＸＸ”。
第二条重点学科建设应建立联合共建、流动竞争和开放创新的运行机制。
第三条重点学科建设经费必须设立独立账册，专款专用。
第四条上海市重点学科建设经费不得用于基建项目。
第二章 经费投入
第五条重点学科建设应作为学校发展的关键工作，学校要优先支撑和充分保障重点学科的建设和发展。
第六条学校为学科建设的主体，对重点学科需优先予以投入，其中学校直接经费投入比例不低于学校总投入的50%。学校投入经费也应设立独立账册，专款专用。
第七条上海市教育委员会根据学科类别、学科建设规划，以及学校对重点学科的投入强度，在规定额度内对重点学科投入一定的建设经费。
第八条各重点学科应积极争取国家、部委、上海市和企事业的重大项目，多渠道筹集经费，努力提高学科的总体水平和对社会的贡献率。
第三章 经费使用范围
第九条重点学科建设经费主要用于研究基地建设、人才队伍建设、科学研究、国内外学术交流与合作等方面（各学科根据建设发展的实际需要可有所侧重），不得移作他用。
第十条重点学科研究基地建设包括研究基地改造、实验装备及图书资料购置等。重点学科要根据学科建设和发展的需要，围绕拟重点突破的研究方向购置先进的实验装备，其中设备引进主要以公共实验平台建设的需要为依据（优势学科需将相对集中、有足够空间并且实验条件先进的研究基地作为重要建设内容）。学科所有的大型仪器设备必须集中管理，要提高实验设备的使用率和开放度，以形成国家级重点（开放）实验室、工程（技术）研究中心、人文社会科学重点研究基地、产学研中试基地等大型、公共研究基地。
第十一条重点学科建设要设立开放经费，用于吸引国内外优秀人才进入基地进行高水平的科学研究。
第十二条在重点学科的建设和发展中，要积极引进国内外优秀的领军人物和创新团队，形成流动、开放和激励的竞争机制，强化学科队伍实力，增强培养高层次人才的能力。学科应对优秀人才提供良好的创新研究环境及工作条件。
第十三条重点学科应结合社会和经济发展中迫切需要解决的关键问题，积极争取国家、地方和企事业单位的重大项目。重点学科建设经费应为重大项目的研究提供必要的支撑条件，也可以用于开展必要的预研究。
第十四条鼓励重点学科主办及参加重要的国际学术会议，开展高层次的国际合作研究。
第四章 经费预算、下拨及决算
第十五条重点学科建设经费，由学科根据建设任务和目标提出经费总预算及年度经费预算，经专家论证和上海市教育委员会审核确定，实行事权和财权一致的原则。
第十六条上海市教育委员会按照批准的建设规划及经费预算，按年度下达建设经费。
第十七条重点学科建设实行动态调整，滚动发展。上海市教育委员会将在年度检查、中期评估和终期评估验收的基础上，对完成情况好的学科予以奖励；对完成情况较差，甚至无法完成建设规划的学科停拨建设经费，直至取消“上海市重点学科”称号。
同时，建设期间如教育部开展重点学科评审工作，优势学科不能被评为重点学科的，上海市教育委员会将取消其优势学科的命名，并降低投入强度，其降低后所造成的经费缺口由所在学校补足。
特色学科和培育学科在建设期间获得突出进展的，将相应提高投入经费的额度。
第十八条重点学科建设经费以自然年度为核算期，各重点学科应于每年第四季度根据当年的实际使用情况，编制年度经费决算报表，并于年度终了后20个工作日内送上海市教育委员会。
第五章 经费管理与监督
第十九条重点学科建设经费应严格按照建设规划使用，如因特殊原因需要变动，须报请上海市教育委员会核准。
第二十条学校要加强对经费的管理，多方筹集的重点学科建设资金应全部纳入学校财务处管理，学校学科建设归口管理部门会同有关部门对经费使用进行全面监督。
第二十一条各有关高校领导、各学科带头人都应自觉维护国家的财经纪律，其支出标准按国家有关规定执行。专项经费不得用于各种罚款、还贷、捐赠赞助支出。应认真接受上级主管部门、财政、审计等部门的监督和检查，发现问题，及时纠正。
第二十二条上海市教育委员会将根据有关规定对各学科经费使用、设备管理等情况，每年进行定期和不定期的重点检查，如发现违规行为，将追究责任。
第二十三条重点学科在建设过程中产生的科研成果、专著、论文以及购置的仪器设备、图书资料，需统一注明为“上海市重点学科建设项目资助，项目编号：ＸＸＸＸＸ”。